Zehn Jahre sind vergangen, seit das freigesetzte Virus den Großteil der Menschheit ausgerottet hat. Der übrig gebliebene Rest haust in Ruinen der ehemaligen Zivilisation und lebt ein zurückgezogenes Leben im Untergrund. Eine Expedition in die Wälder, angeführt von Malcolm (Jason Clarke), trifft auf das von Caesar (Andy Serkis) angeführte Affenvolk. Malcolm und Ellie (Keri Russell) erwirken ein Friedensabkommen mit Caesar, das jedoch von kurzer Dauer ist. Denn der charismatische Anführer Dreyfus (Gary Oldman) hetzt gegen die Herrschaft der Affen und macht diese für die Beinahe-Ausrottung der Menschen verantwortlich. Dreyfus sammelt eine gewaltbereite Gefolgschaft um sich und provoziert damit einen entscheidenden Kampf zwischen Menschen und Affen, der die Vorherrschaft ein für alle Mal klären wird.