Zum zweiten Mal nach „The Ark of Truth" wird die Serie Stargate Kommando SG-1 in Spielfilmlänge fortgesetzt. Während SG-1 der Exekution von Ba’al (Cliff Simon) – dem letzten verbleibenden Goa’uld Systemlord – beiwohnt, lösen sich Teal’c (Christopher Judge) und Vala (Claudia Black) auf unerklärliche Art und Weise in Luft auf. Carter (Amanda Tapping), Daniel (Michael Shanks) und Mitchell (Ben Browder) reisen zu einer Welt, wo die Geschichte geändert und das Stargate-Programm aus der Zeitlinie herausgelöscht wurde. Bei dem Versuch, die Verantwortlichen über die Vorfälle aufzuklären, erreicht eine Flotte von Goa’uld-Mutterschiffen den Orbit – angeführt von Ba’al, seiner Königin, Katesh (Vala) und seinem ersten General, Teal’c. SG-1 muss deshalb das Stargate finden und die Dinge wieder in Ordnung bringen, bevor die Welt von den Goa’uld versklavt wird.